U Odseku za pripremu, sprovođenje i praćenje sprovođenja projekata koji se finansiraju iz fondova Evropske unije obavljaju se poslovi koji se odnose na: identifikaciju i formulaciju projekata za korišćenje sredstava iz fondova EU iz delokruga Ministarstva; predlaganje projekata u skladu sa procedurom utvrđenom od strane Nacionalnog IPA koordinatora; usklađivanje predloga projekata sa tehničkim zahtevima, programskim i sektorskim prioritetima; pripremu relevantne projektne dokumentacije; neophodne aktivnosti kako bi sredstva za nacionalno sufinansiranje bila na vreme obezbeđena; učešće u relevantnim odborima za praćenje programa; staranje o ispunjavanju zahteva u vezi sa vidljivošću IPA programa; organizaciju, obavljanje i kontrolu sprovođenja projekata koji su odobreni za finansiranje iz fondova EU u skladu sa relevantnim procedurama; pripremu relevantne tenderske dokumentacije; učestvovanje u izradi/ažuriranju plana javnih nabavki; organizaciju i koordinaciju predlaganja članova odbora za evaluaciju ponuda na tenderu; administrativne i pripremne poslove, vezane za tendersku dokumentaciju kao i za nadzor, sprovođenje ugovorenih obaveza od strane ugovarača; izradu i podnošenje izveštaja o sprovođenju i čuvanju neophodne dokumentacije radi sprovođenja postupka revizije; obavljanje kontrole i potvrđivanje ispravnosti računa za plaćanje vezanih za sprovođenje projekata, uključujući i kontrolu na licu mesta; izveštavanje o sprovođenju projekata finansiranih iz fondova EU; sprovođenje mera za uspostavljanje, funkcionisanje i održivost decentralizovanog sistema upravljanja fondovima EU u skladu sa relevantnim procedurama; kao i drugi poslovi iz ove oblasti.