Vlada Republike Srbije je na sednici 24. novembra 2022. godine za Nacionalnog IPA koordinatora (NIPAK) imenovala ministra za evropske integracije prof. dr Tanju Miščević. NIPAK je odgovoran za sveukupan proces strateškog planiranja, koordinaciju programiranja, praćenje sprovođenja, vrednovanje i izveštavanje o IPA II pomoći, kao i za saradnju sa Evropskom komisijom u vezi sa korišćenjem IPA II.
NIPAK ima podršku Tehničkog sekretarijata čije nadležnosti su definisane u članu 22 (za decentralizovano upravljanje) i članu 32 (za centralizovano upravljanje) Uredbe o sprovođenju IPA.
Za TEHNIČKI SEKRETARIJAT NACIONALNOG IPA KOORDINATORA (NIPAK TS) određeno je Ministarstvo za evropske integracije - Sektor za planiranje, programiranje, praćenje i izveštavanje o sredstvima EU i razvojnoj pomoći. Ministarstvo za evropske integracije u ovom domenu obavlja poslove koji se odnose i na: koordinaciju fondova EU (pomoćnik ministra); obavljanje stručnih i administrativno-tehničkih poslova za odgovorno lice za poslove operativne strukture za upravljanje programima prekogranične saradnje u okviru IPA II; Telo za koordinaciju programiranja, praćenje i vrednovanje u operativnoj strukturi za upravljanje akcionim programima pretpristupne pomoći u okviru IPA II; Telo za programe prekogranične saradnje u operativnoj strukturi za upravljanje programima prekogranične saradnje u okviru IPA II.
NACIONALNI SLUŽBENIK ZA ODOBRAVANjE jeste funkcioner koga postavlja Vlada ili državni službenik na položaju koga postavlja Vlada na predlog ministra nadležnog za finansije. Nacionalni službenik za odobravanje obavlja poslove u vezi sa finansijskim upravljanjem sredstvima EU u Republici Srbiji i stara se o delotvornom funkcionisanju sistema internih kontrola u vezi sa IPA II u smislu obezbeđivanja zakonitosti i regularnosti transakcija.
Ostale institucije i tela značajna za upravljanje programima pretpristupne pomoći EU u Republici Srbiji su:
MINISTARSTVO FINANSIJA - Odeljenje za nacionalni fond za upravljanje sredstvima pretpristupne pomoći Evropske unije u okviru Sektora za upravljanje sredstvima Evropske unije, za Nacionalni fond u upravljačkoj strukturi nacionalnog službenika za odobravanje; Grupa za harmonizaciju sistema upravljanja i kontrole sredstvima pretpristupne pomoći Evropske unije u okviru Sektora za upravljanje sredstvima Evropske unije, za Telo za podršku nacionalnom službeniku za odobravanje u upravljačkoj strukturi nacionalnog službenika za odobravanje; Sektor za ugovaranje i finansiranje programa iz sredstava Evropske unije, za Telo za ugovaranje u operativnoj strukturi za upravljanje akcionim programima pretpristupne pomoći u okviru IPA II i u operativnoj strukturi za upravljanje programima prekogranične saradnje u okviru IPA II; Odsek za suzbijanje nepravilnosti i prevara u postupanju sa sredstvima Evropske unije za Telo za suzbijanje nepravilnosti i prevara u postupanju sa sredstvima Evropske unije
MINISTARSTVO POLjOPRIVREDE I ZAŠTITE ŽIVOTNE SREDINE - Sektor za ruralni razvoj, za Upravljačko telo u operativnoj strukturi za upravljanje programom ruralnog razvoja u oblasti poljoprivrede (IPARD program) u okviru IPA II; Uprava za agrarna plaćanja, za IPARD agenciju u operativnoj strukturi za upravljanje programima ruralnog razvoja u oblasti poljoprivrede (IPARD) program u okviru IPA II.