У Сектору за програме европске територијалне сарадње обављају се послови који се односе на: учешће у успостављању институционалне структуре управљања, спровођења и система контроле програма европске територијалне сарадње у којима учествује Република Србија, и то програма прекограничне сарадње са Босном и Херцеговином, Црном Гором, Републиком Северном Македонијом, Мађарском, Румунијом, Бугарском и Хрватском, програма транснационалне сарадње Јадранско-јонски и Дунавски регион, и програма међурегионалне сарадње УРБАКТ, ИНТЕРРЕГ Европа и ЕСПОН: сарадњу са институцијама надлежним за успостављање система индиректног управљања фондовима ЕУ; послове Управљачког органа за програме прекограничне сарадње са Црном Гором, Босном и Херцеговином и Републиком Северном Македонијом у индиректном управљању; управљање програмима прекограничне сарадње који се спроводе у индиректном управљању; надзор над резултатима рада Посредничког тела за финансијско управљање, као и првостепене контроле/контролног тела; израду и достављање Националном службенику за одобравање годишњих изјава о управљању за претходну финансијску годину за програме који су у његовој надлежности, укључујући и годишње финансијске извештаје; одређивање заједничких тела програма у Републици Србији; програмирање, управљање, праћење и извештавање о програмима; учешће у активностима Републике Србије на припреми и спровођењу ЕУ макрорегионалних стратегија (Стратегија ЕУ за Дунавски регион и Стратегија ЕУ за Јадранско-јонски регион); учешће у одабиру приоритета програма у складу са приоритетима Републике Србије; учешће у надзору над спровођењем програма укључујући именовање чланова Заједничких одбора за праћење програма (ЗОП) испред Републике Србије; учешће у раду ЗОП; обуку и координацију рада српских представника у ЗОП; успостављање и учешће у надзору над радом представништва Заједничког секретаријата (ЗС), инфо тачке, националне контакт тачке и придружене канцеларије програма на територији Републике Србије обухваћеној програмом, у складу са правилима утврђеним програмом; успостављање Заједничких техничких секретаријата (ЗТС) и надзор над њиховим радом у складу са правилима програма; учешће у идентификацији стратешких пројеката у сарадњи са надлежним домаћим и институцијама партнерских земаља; учешће у припреми и надзор над спровођењем пројеката техничке помоћи у сарадњи са надлежним институцијама партнерских земаља, као и обезбеђивање средстава за суфинансирања и предфинансирања пројеката техничке помоћи из буџета Републике Србије које спроводи Министарство; праћење спровођења циљева програма, процену утицаја доприноса пројеката на развојне процесе на територијама обухваћеним програмима, као и на целој територији Републике Србије; осигуравање оснивања и рада Жалбене комисије за поступање по пријавама корисника бесповратних средстава на неприхватљиве трошкове утврђене од стране првостепене контроле/контролног тела на територији Републике Србије, као и пружање стручне подршке у раду Комисије за неправилности; координацију процеса повраћаја средства у случају неоправдано исплаћених или неутрошених средстава корисника за програме са чланицама ЕУ; развој стратегије информисања и промоције програма, као и надзор над њеним спровођењем; стварање услова за даљи развој програма; припрему и праћење споразума, уговора и других правних аката релевантних за програме европске територијалне сарадње и усклађивање националних прописа везаних за спровођење програма европске територијалне сарадње са прописима ЕУ, као и праћење и анализу споразума између земаља укључених у програме; учешће у раду међународних тела, организација и асоцијација испред Републике Србије које се баве питањима територијалне сарадње; успостављање система управљања и контроле за други циљ Кохезионе политике ЕУ; учешће у раду групе за регионалне политике и координацију структурних инструмената; учешће у изради стратешких докумената везаних за локални и регионални развој; учешће у процесима који су у вези са стручним усавршавањем државних службеника у Сектору, као и други послови из ове области.
За обављање послова из делокруга Сектора за програме европске територијалне сарадње образују се следеће уже унутрашње јединице:
1. Одељење за програме прекограничне сарадње са кандидатима за чланство у ЕУ;
2. Одељење за програме прекограничне и транснационалне сарадње са чланицама ЕУ и
3. Одељење за програме међурегионалне сарадње, територијалне стратегије и систем управљања и контроле за програме са чланицама ЕУ.