У Одељењу за контролу пројеката финансираних из програма европске територијалне сарадње са чланицама ЕУ обављају се послови који се односе на: канцеларијске и теренске контроле, укључујући контролу јавних набавки, видљивости пројекта и хоризонталних принципа, у складу са домаћим и ЕУ прописима и стандардима; издавање сертификата о исправности трошкова; израду и унапређење релевантних националних процедура и програмских докумената; пријављивање сумње на неправилности надлежном државном органу; сарадњу са релевантним органима државне управе и другим телима на нивоу појединачних програма; организовање обуке корисника из Републике Србије у вези са правилима извештавања и прихватљивости трошкова; учествовање у спровођењу пројеката техничке помоћи; припрему извештаја; вођење евиденције о спроведеним контролама; администрирање неправилности; осигуравање оснивања и рада Комисије за неправилности; вођење регистра о неправилностима, пружање подршке у превенцији, детекцији и извештавању о неправилностима у складу са процедурама програма у дељеном управљању; учешће у процесима који су у вези са стручним усавршавањем државних службеника у Одељењу, као и други послови из ове области.
За обављање послова из делокруга Одељења за контролу пројеката финансираних из програма европске територијалне сарадње са чланицама ЕУ образују се следеће уже унутрашње јединице:
1. Група за контролу пројеката у оквиру програма прекограничне сарадње са Мађарском и Хрватском;
2. Група за контролу пројеката у оквиру програма прекограничне сарадње са Румунијом и Бугарском;
3. Група за контролу пројеката у оквиру Програма транснационалне сарадње Дунав и програма међурегионалне сарадње;
4. Група за контролу пројеката у оквиру Јадранско-јонског програма транснационалне сарадње и програма међурегионалне сарадње и
5. Група за администрирање неправилности.