Естонија је 1. јула 2017. године преузела од Малте своје прво председавање Савету Европске уније. Приоритети естонског председавања биће отворена и иновативна европска економија, безбедност, дигитална, инклузивна и одржива Европа, а мото председавања је "Јединство кроз равнотежу".
Активности Естоније на приоритету председавања који се тиче отворене и иновативне Европе имаће за циљ унапређење пословног окружења које помаже раст заснован на знању и конкурентност. У оквиру приоритета безбедне Европе, Естонија ће радити на јачању борбе против тероризма и организованог криминала, бољој унутрашњој безбедности, али и заштиту спољних граница ЕУ унапређењем сарадње, као и даљи рад на мигрантској кризи и реформи Заједничког система азила.
Естонија ће такође подржавати јачање веза са земљама Источног партнерства и фокусираће се на повећање трошкова за одбрану, развој европске сарадње у одбрани и ЕУ-НАТО партнерства. У склопу приоритета дигиталне Европе, ова балтичка земља са 1,3 милиона становника, која је себе профилисала као пионира на пољу дигиталне технологије, жели да Унија искористи добробити технолошког напретка. Званични Талин ће се концентрисати на унапређење прекограничне е-трговине, обезбеђење модерних и безбедних електронских комуникација доступних свима широм Европе и унапређење прекограничних дигиталних јавних услуга са циљем да се олакша свакодневни живот.
Иако се проширење ЕУ не помиње међу приоритетима, амбасадор Естоније у Србији Данијел Ерик Шер недавно је на скупу у Београду којим је обележен завршетак малтешког и почетак естонског председавања рекао да је став његове земље о придруживању Србије јасан и да ће Естонија у наредних шест месеци настојати да убеди све чланице ЕУ да је отварање поглавља "прави пут" за Србију. "Наша позиција је веома јасна: Будућност Западног Балкана је у ЕУ", рекао је Шер и додао да "све земље које желе да уђу у ЕУ морају да деле европске вредности".
У наредних шест медсеци у Естонији ће бити одржано двадесетак скупова на министарском нивоу, као и око 200 других догађаја повезаних са председавањем.
Естонија је ушла у ЕУ 2004. године, а од 2011. је чланица евро зоне.